Nông nghiệp hữu cơ và nông nghiệp sạch về bản chất đều giống nhau là sản phẩm sạch, an toàn và truy nguyên được nguồn gốc nhưng khác nhau cơ bản về phương thức và điều kiện canh tác…

Nông nghiệp hữu cơ: SX theo kiểu tự nhiên, truyền thống lâu đời của con người mà tạo ra sản phẩm. Theo quy định của IFOAM (tổ chức bảo vệ quốc tế về nông nghiệp hữu cơ), khi sản phẩm được chứng nhận đạt tiêu chuẩn hữu cơ thì giống trồng do con người chọn lọc, bảo quản mà có, không phải là giống chuyển gen; đất trồng không sử dụng bất cứ loại phân hóa học, không dùng thuốc diệt cỏ, diệt sâu bệnh thuộc dạng hóa học và sử dụng nước sạch.

Nếu đất trước đó sử dụng các loại phân hóa học, thuốc BVTV thì phải cách ly khoảng 3 năm mới được sử dụng. Sản phẩm khi thu hoạch, vận chuyển, chế biến bảo quản phải được sử dụng công cụ và bao bì, đồ chứa đựng cũng sạch, khôn sử dụng các chất bảo quản cấm.

Nếu đối chiếu lại lịch sử canh tác của nông dân Việt Nam thì mấy ngàn năm qua, nông dân đã sử dụng các vật liệu, giống tự nhiên, không có hóa học, nên cũng được gọi là nông nghiệp hữu cơ. Tuy vậy cũng có khi chưa phải lúc nào cũng được gọi là nông nghiệp sạch.

Nông nghiệp sạch: Vẫn cho phép sử dụng tất cả các loại giống, kể cả giống chuyển gen, cho phép sử dụng phân hoá học, thuốc trừ sâu, trừ cỏ bằng hóa học. Tuy nhiên khi kiểm tra sản phẩm thì sản phẩm phải đạt tiêu chuẩn sạch. Người ta quy định sản phẩm sạch theo một hệ thống kết hợp kinh nghiệm và số liệu chứng minh mức độ tồn dư của chất nào đó trong từng sản phẩm mà con người sử dụng liên tục cũng không đủ sức gây độc hại đến cơ thể con người hay gia súc. Trong hoạt động SX cũng không gây ra ô nhiễm môi trường. Vượt ngưỡng quy định đó là thuộc loại sản phẩm không sạch. Dựa vào tiêu chuẩn quy định của từng nước, từng khu vực hay quy định chung của thế giới để đánh giá.

Như vậy người SX muốn sản phẩm của mình được tiêu thụ trong nước và thế giới thì phải bảo đảm được yêu cầu của họ. Người SX phải biết điều chỉnh số lượng phân bón, thuốc trừ sâu cho cây trồng, chọn nguồn nước đảm bảo dùng tưới cho đồng ruộng để đạt được tiêu chuẩn của từng loại khách hàng. Để thực hiện được tiêu chuẩn nông nghiệp sạch theo quy định này trên thế giới hiện nay đều dựa vào tiêu chuẩn của GAP, có thể VietGAP, Asean GAP hay GlobalGAP.

Tuy nhiên khi SX, người trồng phải theo dõi thông tin của khách hàng để điều chỉnh cho phù hợp. Ví dụ, người Nhật mua hạt tiêu của Việt Nam trước đây chỉ yêu cầu dư lượng Metalaxy trong hạt tiêu dưới ngưỡng 0,1ppm là được, nay người ta có yêu cầu cao hơn là phải đạt mức 0,05 ppm mới được. Biết được yêu cầu của khách hàng thì người SX hoặc không sử dụng loại thuốc này hoặc hạn chế tối đa sử dụng cũng như thời gian cách ly. Phân bón hóa học cũng vậy.

Muốn đạt chuẩn các chất dinh dưỡng không vượt mức cho phép thì phải giảm thiểu tối đa số lượng sử dụng, nhất là loại phân đạm. Thực tế SX sạch theo tiêu chuẩn GAP cũng không phải đơn giản. Ví dụ GlobalGAP gồm có 12 nội dung chính trong đó có 68 chỉ tiêu người SX phải tuân thủ. Các vật liệu và điều kiện SX phải có lý lịch rõ ràng. Sản phẩm cũng phải được kiểm tra, chứng minh bằng số liệu phân tích và cũng phải được một đơn vị có năng lực, có chức năng chứng nhận, khi cần có thể truy nguyên được nguồn gốc xuất xứ.